孙思邈的主要著作有《千金要方》、《唐新本草》、《老子注》、《庄子注》、《枕中素书》 1 卷、《会三教论》1 卷、《福禄论》3 卷等。

孙思邈的主要著作遗存，根据史书、方志、典籍、道藏、医著、碑石等文献资料记载约有90余种，其中已考订基本确定为托名者71种。

孙思邈十分重视民间的医疗经验，不断积累走访，及时记录下来，终于完成了他的著作《千金要方》。唐朝建立后，孙思邈接受朝廷的邀请，与政府合作开展医学活动。唐高宗显庆四年，完成了世界上第一部国家药典《唐新本草》。