芒康县平均海拔4317米。

芒康县从地理位置来看，其主要位于西藏自治区东南部，以及昌都市的最东部，地处川、滇、藏三省区交汇处。东部与四川省巴塘县相邻，南边与云南省德钦县毗邻，西部与左贡县接壤，北部与贡觉县、察雅县相接。

芒康县的地形地貌相对来说比较复杂。横断山脉由北向南纵贯县城境内，而宁静山脉又是主要山脉，呈南北走向。另外，这里还有许多其它山峰，比如达拉涅峰、达马压山、卡孜西卡冲山、达拉涅峰、旺秋占堆山等。除此之外，芒康县属于高原温带半湿润季风型气候，夏季比较湿润，而冬季寒冷干燥。